eAuditor integruje się z MS Active Directory pod kątem implementacji struktury organizacyjnych, komputerów oraz danych pracowników oraz praw dostępu (kontenerów). Dostępna jest opcja MS RBAC (Role Base Access Control) umożliwiająca automatyczne dziedziczenie praw dostępu z kontenera w AD do aplikacji. Możliwe jest również instalowanie agenta z wykorzystaniem domeny oraz zalogowanie do konsoli administracyjnej poprzez protokół single sing-on (SSO).